Après que les Forces Alliées et l'Akatsuki soient sortis pour la guerre, la bataille continue de faire rage.
Itachi annonce à Kabuto son désir de l'éliminer pour arrêter le processus de réincarnation des âmes. Sasuke rejoint son frère pour l'aider à vaincre Kabuto.
Kabuto annonce aux frères Uchiwa être allé sur le Mont Ryûchido pour apprendre l'art du mode Ermite aux côtés de l'ermite des serpents.
Kabuto essaie de convaincre Sasuke de s'allier à lui pour détruire Konoha, mais leurs intérêts divergent.
Pendant que Kabuto tente de combiner les techniques du quartet d'Oto à celles d'Orochimaru, Itachi parvient à piéger Kabuto grâce à une technique interdite.
Après avoir enfermé Kabuto dans une boucle temporelle, Itachi raconte à Sasuke l'histoire de cette technique, pendant que Kabuto tente de s'en sortir.
Itachi fait ses adieux à Sasuke. Les cinq Kage luttent contre Madara et ses clones. Naruto s'apprête à affronter Tobi aux côtés de Gaï et Kakashi.
Sous l'emprise d'Itachi, Kabuto exécute les mûdra d'annulation de la technique de réincarnation des âmes.
Avec l'aide de Suigetsu et de Jûgo, Sasuke cherche à ressusciter Orochimaru grâce à la marque maudite apposée sur le cou d'Anko.
Aidé de Gaï, Naruto et Killer Bee, Kakashi tente de trouver une faille dans la technique de dématérialisation de Tobi.
Après être parvenus à briser le masque de Tobi, Kakashi et Gaï accusent le coup en découvrant sa véritable identité.
Son secret à présent percé, Tobi est rejoint par Madara qui a réussi à se libérer de l'emprise de la réincarnation des âmes et à vaincre les cinq Kage.
Flash-back sur la vie d'Obito Uchiwa, de sa mort supposée lors de la Troisième Grande Guerre ninja jusqu'à sa rencontre avec Madara Uchiwa.
Avant sa mort supposée, Obito a confié à Kakashi son Sharingan et lui a demandé de protéger Lin. Une fois rétabli, Obito est sous le choc en apprenant la mort de Lin.
Les destins de Kakashi, Obito, Nagato et Danzô semblent s'être déjà croisés plusieurs années auparavant, tandis que Madara tisse une toile toujours plus dangereuse.
Portés par leurs espoirs, de jeunes leaders fondent l'organisation Akatsuki. Mais pour Danzô et le mystérieux homme au masque, tout cela n'est qu'une illusion.
La guerre touche à sa fin et un accord de paix doit être signé. Le successeur du Troisième Hokage envoie Kakashi, toujours aussi meurtri, en mission.
Après son arrivée dans les services spéciaux, Kakashi est chargé de protéger Kushina, qui attend un heureux événement, sans savoir qu'une catastrophe se prépare.
Kakashi enquête sur des expériences interdites menées sur des nourrissons en vue de maîtriser des bijûs. Dans l'ombre, des forces s'activent pour prendre le pouvoir.
Démasqué, Orochimaru cherche à quitter le Pays du Feu. Kinoe, agent double à la solde de Danzô, demande l'aide du clan Iburi afin de faciliter l'évasion du renégat.
Un repaire abandonné d'Orochimaru est découvert. Le Hokage charge Kakashi de l'inspecter, tandis que Danzô y dépêche Kinoe.
Refusant d'utiliser Yukimi comme appât, Kinoe est poursuivi par Kakashi. Les deux ninjas vont-ils pouvoir trouver un terrain d'entente ? Yukimi va-t-elle survivre ?
Un repaire abandonné d'Orochimaru est découvert. Le Hokage charge Kakashi de l'inspecter, tandis que Danzô y dépêche Kinoe.
Ne pouvant se résoudre à assassiner Kakashi, Kinoe regagne le QG de la Racine sans le Sharingan. Comment Danzô réagira-t-il devant cette insubordination ?