Orochimaru réincarne les quatre anciens Hokage, dont Minato, le père de Naruto, tandis qu'Hashirama révèle son passé avec Madara.
Itachi rejoint l'ANBU en tant qu'agent informateur double. Faisant équipe avec Kakashi, il part effectuer sa première mission.
Après l'attaque de Kyûbi sur le village, la situation est tendue entre les Uchiwa et les autres clans. Shisui élabore un plan avec le Hokage pour rétablir la confiance.
Les choses se précipitent à Konoha. Alors que les Uchiwa s'apprêtent à déclencher un coup d'État, Danzô et Itachi préparent la riposte.
Devenu instructeur des jeunes diplômés de l'Académie, Kakashi va se révéler tout aussi impitoyable qu'à l'époque de l'ANBU.
Le Hokage présente indirectement à Kakashi ses futurs aspirants. Redécouvrez l'épreuve de survie du point de vue de l'instructeur.
Naruto, Kyûbi, Kakashi, Gaï et Hachibi continuent leur lutte acharnée contre Obito et Madara, alors que la statue du démon des enfers est sur le point de réveiller Jûbi.
Obito et Madara prennent le contrôle de Jûbi. Kyûbi et Hachibi tentent d'interrompre le processus d'éveil, mais Naruto et ses camarades sont à court de chakra.
Jûbi entame sa seconde transformation et détruit le quartier général du commandement de l'alliance ninja, puis décime de nombreux ninjas.
L'équipe Taka et Orochimaru infiltrent le repaire du clan Uzumaki pour rendre à Orochimaru l'usage de ses mains et ramener les Hokage à la vie.
Une discussion a lieu entre Sasuke et les quatre anciens Hokage, réincarnés par Orochimaru.
Flash-back sur la première rencontre entre Hashirama et Madara.
Suite du flash-back : les relations entre Hashirama et Madara se détériorent. Leur amitié y survivra-t-elle ?
Suite du flash-back : Konoha et les premières divergences entre Hashirama et Madara voient le jour.
Hashirama termine son récit à propos du village et attend la décision de Sasuke à son sujet.
Sur le champ de bataille, l'alliance ninja continue de faire face à Madara, Obito et Jûbi.
Jûbi attaque les forces alliées Shinobi, désormais dépourvues du manteau de chakra de Naruto.
Après avoir rejoint ses camarades, Sasuke leur annonce sa décision de devenir Hokage. Il s'ensuit alors un combat sans merci aux côtés de l'Équipe 7.
Dans les environs du village de Konoha, une force inconnue projette de nombreuses personnes en l'air. Quel est donc cet adversaire mystérieux ?
Un androïde à l'image de Naruto surgit à Konoha pour le dépouiller de son chakra. Impuissant, Naruto se voit contraint de prendre la fuite.
Après sa défaite face à Kakashi dans l'espace Kamui, Obito se trouve en très mauvaise posture. Il absorbe alors totalement Jûbi, devenant ainsi son hôte.