Naruto Uzumaki et son équipe se lancent dans un nouveau défi. Ils doivent combattre la sinistre organisation Akatsuki pour sauver Gaara, le chef d'un village.
Après deux ans d'entraînement auprès de Jiraya, Naruto revient à Konoha où il croise Sakura et Konohamaru.
Kakashi met Naruto et Sakura à l'épreuve pour évaluer leurs progrès, tandis que l'organisation Akatsuki arrive à Sunagakure.
Tandis que Sakura et Naruto montrent leurs nouvelles prouesses, Deidara lance une attaque sur Sunagakure et doit affronter Gaara.
Naruto et Sakura luttent pour réussir l'épreuve de Kakashi, pendant que Deidara et Gaara s'affrontent lors d'un combat aérien.
Après avoir relevé leur défi de survie, Naruto et Sakura sont envoyés par Tsunade pour affronter un trio dirigé par Kakashi.
Alors qu'il tente de protéger Sunagakure des explosifs lancés par Deidara, Gaara est obligé de baisser la garde, devenant ainsi vulnérable en cas d'attaque.
Malgré les efforts de Baki pour l'arrêter, Kankuro tente de sauver Gaara qui a été éloigné par Deidara et Sasori.
Tsunade demande à l'Équipe Kakashi de venir en aide à Sunagakure pour sauver le Kazekage.
Kankuro est victime du poison mortel de Sasori, pendant que l'Équipe Kakashi récupère Temari, la sœur aînée de Gaara, sur le chemin de Sunagakure.
L'Akatsuki effectue un rituel de trois jours et trois nuits pour extraire le Shukaku de Gaara. Pendant ce temps, à Sunagakure, l'état de Kankuro empire.
Le ninja médecin Sakura crée un antidote pour traiter Kankuro. Plus tard, les chiens ninjas de Kakashi parviennent à retrouver la trace de l'Akatsuki.
L'Équipe Gaï et l'Équipe Kakashi poursuivent leur mission pour récupérer Gaara, mais le leader de l'Akatsuki envoie Kisame Hoshigaki et Itachi Uchila pour les retarder.
L'Équipe Gaï engage le combat contre Kisame, tandis que Kakashi mène l'attaque contre Itachi, Naruto le suivant de près.
Gaï a recourt à des mesures extrêmes dans sa bataille contre Kisame.
Chiyo et Sakura libèrent Naruto du genjutsu, tandis que Gaï redonne leur liberté à Neji, Rock Lee et Tenten après avoir vaincu définitivement Kisame.
L'Équipe Kakashi et l'Équipe Gaï réalisent que leurs récents combats n'étaient que des distractions. Chiyo leur indique que l'extraction du Jinchuriki peut être fatale.
Alors que les équipes approchent de la cachette de l'Akatsuki, Chiyo révèle que c'est elle qui avait scellé le Shukaku dans Gaara, afin de protéger Sunagakure.
Alors que deux équipes tentent de surmonter les obstacles pour arriver à la cachette, l'Akatsuki apprend que l'un des intrus est le Jinchuriki à neuf queues.
Dans le repaire, l'Équipe Gaï tombe dans une embuscade menée par des clones de ses membres. Deidara emporte le corps de Gaara, forçant Naruto et Kakashi à le suivre.
Chiyo révèle que le corps de son petit-fils se dissimule dans sa marionnette favorite et que le seul moyen de tuer Sasori consiste à détruire sa marionnette.
Chiyo et Sakura continuent leur combat contre Sasori, pendant que l'équipe de Temari ainsi que Kankuro et Ebizo poursuivent leur chemin vers le Pays de la Rivière.
Sasori maîtrise la troisième technique secrète, tandis que Naruto et Kakashi continuent à poursuivre Deidara, et que l'Équipe Gaï lutte contre les clones.
Face à la limaille de fer, Chiyo et Sakura, ainsi que les pantins père et mère, perdent du terrain dans leur combat contre Sasori et le Troisième Kazekage.
Sasori blesse Sakura en utilisant une nouvelle technique de combat, et son poison la paralyse.
Sakura avoue avoir pris un antidote contre le poison de Sasori, qui ne fera plus effet dans trois minutes, et Deidara tente de se débarrasser de Naruto et Kakashi.
Tandis que Chiyo convoque les dix pantins de Chikamatsu, Sasori se sert du jutsu de manipulation de ses cent marionnettes.
Chiyo et Sakura entrent dans la dernière phase de combat avec Sasori qui révèle de précieuses informations sur l'un de ses espions.
L'Équipe Gaï semble dominée par des clones toujours aussi puissants qu'à leurs débuts.
Kakashi utilise son pouvoir interdimensionnel contre Deidara, mais Naruto, enragé, se transforme en renard à neuf queues.
Kakashi utilise le pouvoir de Jiraya pour ôter à Naruto son chakra du renard à neuf queues, pendant que Sakura tente en vain de ramener Gaara à la vie.