Tous les cinq grands pays forment une alliance avec le Pays du Fer et se préparent pour la Quatrième Grande Guerre Ninja alors que Naruto s’entraîne à contrôler le démon renard à neufs queues.
Shikamaru accompagne Naruto et son équipe en mission à bord de leur navire, quand un mystérieux brouillard plonge le bateau et son équipage dans la tourmente.
Konoha se prépare au combat. Convaincu qu'Hinata n'a pas la carrure d'un leader, Hiashi choisit Neji pour mener le clan au front. Tsunade s'entretient avec le Daimyô.
Naruto, Gaï, Yamato et Aoba font la rencontre d'un imposteur prétendant être Naruto Uzumaki et d'un mystérieux officier ninja du nom d'Iggy.
Konohamaru tente désespérément de participer à la guerre qui va bientôt commencer, avant de défier Temari en utilisant la technique de l'Orbe tourbillonnant.
Une kunoichi décide d'affronter Naruto lors d'un nouveau combat. Si ce dernier parvient à lui tenir tête, elle devra devenir sa femme, comme l'exige la tradition.
À Konoha, Shino se remémore une mission de l'équipe 8 avec Hinata et Kiba, du temps où ils étaient Genin.
En s'entraînant avec Rock Lee, Tenten se remémore son rêve de petite fille : devenir une kunoichi légendaire comme Tsunade.
En apercevant deux enfants se disputer, Saï se remémore son intégration à l'équipe 7 et ses premiers échanges tendus avec Naruto.
Ino, Shikamaru et Chôji se remémorent le jour où ils ont sauvé la vie de Kôsuke, le plus vieux Genin de Konoha, une vieille connaissance de leurs pères respectifs.
Après avoir entendu sa mère vanter les progrès de Naruto, Kiba décide de trouver un nouveau maître pour s'entraîner aux meilleures techniques de combat.
Tsunade envoie Kakashi en mission lorsqu'un message alarmant de Gaï arrive. Pendant ce temps, Yamato met ses amis en garde contre une technique de transformation.
Lors de son dernier ravitaillement sur une petite île, Naruto voit deux messagers d'Iwa se faire attaquer par un commando de ninjas de Kiri, dirigé par Ganryu.
Les ninjas de Konoha s'apprêtent à accoster sur une l'île d'apparence inhospitalière lorsqu'ils subissent l'attaque d'un calamar géant et sont secourus par Killer Bee.
Évoquant les drames du passé, Motoï explique à Naruto pourquoi il ne peut pas demander à Killer Bee de superviser son entraînement.
Killer Bee accepte d'aider Naruto à maîtriser Kyûbi. Avant cela, le jeune ninja doit trouver un moyen de vaincre son double maléfique sans utiliser la force.
Alors qu'il est sur le point de se laisser submerger par la haine de Kyûbi, Naruto voit apparaître sa mère, qui parvient à immobiliser le démon renard.
Grâce à l'aide et l'amour de sa mère, Naruto réussit à vaincre la haine de Kyûbi et à séparer le chakra de la volonté du démon afin de se l'approprier.
Naruto en apprend davantage sur son enfance à mesure que le récit des événements survenus le jour de la naissance se poursuit.
Convaincu que Naruto est l'enfant de la prophétie faite à Jiraya, Minato décide de sceller la moitié de Kyûbi dans le bébé de Kushina.
Naruto dit adieu à sa mère et sort de sa méditation. Il fait comprendre à Killer Bee ce qui s'est passé et explique à Yamato qu'il a réussi à séparer le chakra de Kyûbi.
Naruto, Killer Bee, Yamato, Aoba et Motoï subissent l'onde de choc de la technique de Gaï. De retour sur l'île, Yamato coince Kisame dans un carcan.
Tandis que Madara part à la recherche du corps de Nagato, Konan dévoile les raisons l'ayant poussée à trahir l'organisation Akatsuki pour faire confiance à Naruto.
Déterminée à en finir avec Madara, Konan subit l'attaque de son adversaire au moment même où son chakra commence à manquer.
Gaï subit le contrecoup de sa technique, Motoï décide de faire déplacer l'île, et Naruto prend son étonnante nouvelle mission à cœur.
Pendant que Kabuto et Deidara affrontent le Troisième Tsuchikage et ses acolytes, Manda en profite pour lancer une offensive contre l'île-tortue.
Le Tsuchikage transporte l'île-tortue jusqu'à Kumo, pendant qu'une unité de renseignement de Konoha parvient à localiser le repaire de l'organisation Akatsuki.