Les Cinq grands pays et le Pays du Fer s'unissent dans l'Alliance Shinobi et s'opposent à Tobi et l'Akatsuki, pour protéger les Jinchûriki, Naruto Uzumaki et Killer Bee.
Retour sur l'enfance de Naruto et ses débuts en tant que Genin avec Sasuke et Sakura, sous la coupe de Kakashi, jusqu'à leur départ pour le Pays des Vagues.
Sasuke prend conscience des progrès et du potentiel de Naruto et décide de s'entraîner avec Kakashi. Alors que Sasuke affronte Gaara, Naruto a déjà remporté son combat.
Jaloux des progrès de Naruto et cassé physiquement et psychologiquement, Sasuke se retrouve à l'hôpital, où il est soigné par Tsunade.
L'équipe de secours envoyée pour récupérer Sasuke décide de se sacrifier pour permettre à Naruto de rattraper son adversaire.
Alors qu'elle espionne le quartier général des Akatsuki, Anko est faite prisonnière par Kabuto, tandis que le reste de son équipe rapporte les informations recueillies.
Pendant que l'unité d'embuscade de l'alliance ninja, dirigée par Kankurô, se dirige en pays ennemi, l'évacuation des territoires à risque s'organise.
Kankurô engage un duel contre Sasori, qui utilise alors Shin comme marionnette. Madara s'interroge sur l'objectif et les capacités de son allié.
Naruto s'habitue au chakra de Kyûbi. Killer Bee tente de lui enseigner la technique de la bombe bijû, mais Kyûbi refuse de coopérer pour le laisser prendre sa forme.
La cinquième division de l'alliance ninja s'apprête à se mettre en route. Dans le ciel, Saï, Zaji et Omoï subissent l'attaque d'Haku et de ses coéquipiers.
Après s'être évadé, Suigetsu fait part à Jûgo de son rêve de recréer et de diriger la légendaire escouade des Sept épéistes de Kiri.
Face à Gaara, le Deuxième Tsuchikage invoque le Quatrième Kazekage, le Troisième Raikage et le Deuxième Mizukage qui se demandent ce qu'ils font là et qui les a invoqués.
Face à la menace du Zetsu noir, la Mizukage et ses acolytes sont chargés d'assurer la protection des seigneurs féodaux en les déplaçant d'un endroit à un autre.
Le Raikage raconte à Tsunade l'histoire des frères Kinkaku et Ginkaku. Sur le champ de bataille, Darui est secondé par Samui et Atsui.
En plein entraînement, Naruto perçoit la perturbation provoquée par la transformation de Kinkaku. Revêtu du manteau de Kyûbi, ce dernier fait des ravages.
Pendant sa mission, Ino voit Sakura tomber du ciel avec un pendentif autour du cou. Aidée de ses camarades, Ino tente en vain de lui faire retrouver la mémoire.
Une unité de samouraïs dirigée par Mifune vole au secours de l'unité d'embuscade, poursuivie par le groupe d'invocations devant lequel elle a battu en retraite.
Izumo, Kotetsu et Darui engagent le combat contre Kakuzu, tandis que Shikamaru, Ino et Chôji ont pour mission d'affronter Asuma, leur ancien maître.
Chôji s'apprête à frapper Asuma, mais ses souvenirs ressurgissent. Shikamaru fait alors diversion, tandis qu'Ino tente de contrer l'attaque d'Asuma.
Apprenant que le pays est en guerre, Naruto décide d'y mettre fin lui-même et tente de convaincre Iruka de lui faire confiance.
Killer Bee et Naruto quittent l'île. Pendant ce temps, le Zetsu noir, qui s'apprête à enlever les seigneurs féodaux, est attaqué par la Mizukage.
Kyûbi tente de faire comprendre à Naruto qu'il ne pourra mettre fin à la haine engendrée par la guerre seul. Naruto se souvient alors de son premier combat contre Sasuke.
Quand Neji tombe à court de chakra, Kiba lui conseille de se rendre à la tente médicale où, malgré les contrôles à l'entrée, des Jônin médicaux ont été assassinés.
Hinata, Kiba et Shino découvrent la faille permettant aux Zetsu blancs d'infiltrer le camp de l'alliance ninja et décident de les combattre en attendant des renforts.
Lorsque les Zetsu blancs s'introduisent dans le camp des samouraïs et parviennent à libérer Deidara, Mifune, Okisuke et Kurotsuchi se lancent à leur poursuite.
Quand Ebisu tente de convaincre les femmes et les anciens de créer une milice populaire pour protéger le village d'éventuels attaquants, personne ne le prend au sérieux.