Ravivé par Kabuto, Madara se lance à la poursuite de Naruto, bien déterminé reprendre le contrôle de Kyûbi, le renard à neuf queues.
Après avoir invoqué Hayate, Kabuto l'envoie attaquer l'unité médicale pour récupérer les corps de ninjas d'élite morts durant les combats et scellés dans des parchemins.
Yûgao reçoit l'ordre de rattraper Hayate, accompagnée de Sakura et de deux autres ninjas. Durant leur mission, Yokaze et Iô sont blessés.
L'un des clones de Naruto rencontre l'équipe de Karui, en difficulté face à un ronin réincarné par Kabuto et nommé Tatewaki, une vieille connaissance de Naruto.
Retour dans le passé. Les ninjas du village caché par les feuilles font évader le jeune maître en le remplaçant par Naruto, avant de subir l'attaque des Akatsuki.
Madara décide de tester sa nouvelle technique sur Naruto. Voyant Naruto seul chez lui, Lee propose à tous leurs amis d'aller aux bains publics.
Pendant la 3e guerre, Maître Chen fut un légendaire utilisateur de taijutsu. Ramené à la vie, il doit affronter une équipe très particulière...
L'équipe de Shikamaru, Sakura et Kiba est confrontée à de mystérieuses attaques météorologiques. L'œuvre d'un ninja capable de manipuler le temps ?
Le garçon qui contrôle la météo se révèle être Yôta. Arrivé à Konoha plusieurs années auparavant, il était devenu l'ami secret des enfants du village, dont Naruto.
Il y a bien longtemps, les enfants du village s'étaient liés d'amitié avec Yôta malgré les soupçons des adultes, convaincus qu'il s'agissait d'un espion.
Kabuto réanime une armée de ninjas de classe moyenne dirigée par Torune, l'ancien garde du corps de Danzô, mais les soldats sont loin d'avoir le niveau.
Une bataille éclate entre les manipulateurs d'insectes. Shino a-t-il progressé au point de surpasser un ancien membre de la Racine ?
Lorsqu'il décide de ramener Fukai à la vie afin qu'il attaque Killer Bee et Motoï, Kabuto n'est pas au bout de ses surprises.
Kankurô fait face à Chiyo, sous l'emprise de l'Edo Tensei, tandis que de douloureux souvenirs remontent à la surface.
Alors qu'Omoï a abandonné son poste, l'unité des jeunes ninjas de Kumo vient en aide à l'unité de Kiri, attaquée par une armée de Zetsu blancs.
Les ninjas de l'alliance font face aux Zetsu blancs qui ont pris l'apparence de certains des leurs. L'équipe de protection des Daimyô continue d'affronter le Zetsu noir.
Kabuto prend le contrôle de Mû et explique à Madara qu'il l'a invoqué plus fort qu'il n'était à son apogée. Ce dernier s'en prend à la quatrième division.
Kyûbi donne des pouvoirs à Naruto pour l'aider à repousser l'attaque de Madara, tandis que l'équipe de protection des Daimyô finit par vaincre le Zetsu noir.
Alors qu'il subit avec Killer Bee les attaques des hôtes réincarnés, Naruto reconnaît Utakata et entame le dialogue avec le jeune homme en entrant dans son subconscient.
Alors que Killer Bee et Naruto se battent contre les hôtes possédant le Rinnegan et le Sharingan, Kakashi et Gaï se joignent au combat.
Naruto et Killer Bee poursuivent leur offensive contre Tobi et les autres hôtes réincarnés.
Kyûbi se remémore l'évolution de sa relation avec Naruto et son combat contre lui.
Kakashi, Gaï, Killer Bee et Naruto sont en mauvaise posture face aux démons à queues. Naruto décide d'utiliser la toute-puissance de Kyûbi pour vaincre les démons.
Kakashi, Gaï, Naruto et Killer Bee continuent la lutte face à des démons manipulés par Tobi.
Enfin réveillé, Sasuke éveille le Kaléidoscope hypnotique du Sharingan et s'apprête à sortir du repaire de Tobi. Le combat continue entre les Kage et Madara.
Madara décide d'utiliser une puissante technique contre les Kage, laissant échapper un pollen empoisonné. À terre, Oonoki repense à son premier combat contre Madara.