Lors d'une confrontation avec Naruto, Obito commence à se rendre compte de ses erreurs, mais le chemin de la rédemption est encore long.
Un incident sur la route des parchemins du ciel et de la terre conduit Ino à se remémorer sa jeunesse avec Sakura.
Ino, Chôji et Sakura sont confrontés à une équipe de Suna alors qu'ils cherchent à gagner une oasis.
Presque qualifiés pour la troisième épreuve, Sakura, Ino et Chôji sont attaqués par une sinistre marionnettiste et ses sbires.
Alors que son groupe est en difficulté face à la terrible marionnettiste, Sakura décide de prendre les choses en main.
Deux personnages de Suna élaborent un complot pour éloigner Gaara dans le désert, qui se trouve alors confronté à un ennemi.
Hoichi, qui a étudié la science de Bunpuku, prend Gaara et Fû au piège. Leurs démons sortent alors peu à peu de leurs corps.
La plupart des Genin de Konoha sont promus au rang de Chûnin. Les prouesses de Neji à l'examen lui valent d'être promu au rang de Jônin.
Le combat final de la Quatrième Grande Guerre ninja se poursuit. Alors que Naruto et Sasuke sont à l'article de la mort, Madara est prêt à s'emparer du Rinnegan d'Obito.
Entré dans sa période de rédemption, Obito associe le pouvoir de son Sharingan droit à celui de Kakashi pour transférer le chakra des démons à queues au niveau de Naruto.
Retour sur les débuts de l'unité Minato, où Obito et Kakashi oscillent entre amitié et rivalité. Mais le jeune Hatake semble toujours plus aigri.
Kakashi et Obito unissent leurs Sharingans pour transporter Obito auprès de Naruto avant que l'attaque de Madara ne les atteigne.
Gaï décide d'affronter Madara en ouvrant la huitième porte céleste pour pouvoir lui tenir tête. Pendant ce temps, Kabuto tente de ramener Sasuke à la vie.
Cet épisode revient sur l'enfance de Gaï, élevé par son père, Daï.
Gaï décide de se sacrifier en ouvrant la porte de la mort. Alors qu'il parvient à surprendre Madara, il subit rapidement le contrecoup de ses nouvelles attaques.
Entre la vie et la mort, Naruto et Sasuke rencontrent le Sage des six chemins. Pendant ce temps, Gaï tente le tout pour le tout lors d'une ultime attaque.
Konoha-Maru supplie Naruto, de retour au village, de lui enseigner une nouvelle technique, tandis que le jeune Sarutobi tente de maîtriser l'Orbe tourbillonnant.
Cet épisode revient sur l'évolution de la relation entre Konohamaru et Naruto.
Fort des pouvoirs du Sage des six chemins, Naruto décide d'affronter Madara et lui inflige un Orbe Shuriken qui détruit la moitié de l'arbre Shinju.
Madara Uchiwa tente d'infiltrer l'espace Kamui où se trouvent Sakura et Obito en utilisant le Sharingan de Kakashi.
Madara lance le genjutsu des Arcanes Lunaires Infinis en direction de la Lune pour tenter de prendre le contrôle des ninjas du monde entier.
Les Arcanes Lunaires Infinis à présent activés, tous les ninjas sont emprisonnés. Yamato, qui était à l'intérieur de Guruguru, est lui aussi libéré.
Forte des trésors du Sage des six chemins, Tenten décide d'en finir avec Madara en se lançant à sa poursuite avant d'être interrompue dans sa mission.
Après avoir survécu à l'extraction de Hachibi grâce à la méthode de substitution utilisée lors de son combat contre Sasuke, Killer Bee est fait prisonnier des Arcanes.
Killer Bee lutte contre Akatsuki en s'alliant aux autres hôtes dans l'espoir de protéger la princesse du château Rappu.
Avant d'être enfermée dans le cocon de l'Arbre sacré, Karin se remémore son enfance et les moments passés aux côtés d'Orochimaru et de Sasuke.