Le père d'Itachi emmène son fils voir un champ de bataille à l'âge de 4 ans. Profondément marqué par cette vision d'horreur, Itachi n'a plus qu'une idée en tête : maintenir la paix !
Alors que Zetsu tente de ressusciter Kaguya, le Chakra du monde s'apprête à être réunifié. Naruto et Sasuke sont le dernier espoir d'une humanité courant à sa perte.
Zetsu noir dévoile à Naruto et ses compagnons la véritable histoire de Kaguya. La Déesse Hase serait venue du Ciel à une époque très lointaine.
Kaguya, qui règne désormais en maîtresse absolue, instaure un nouveau culte. Ses fils sont pris d'une angoisse sourde au sujet des pèlerins de l'Arbre divin.
Zetsu lève enfin le voile sur les mystères qui entouraient Kaguya et les guerres qui ont secoué de tout temps le monde Shinobi.
Naruto et ses compagnons sont attirés dans une autre dimension par Kaguya, qui semble inarrêtable. Face à un tel adversaire, Naruto élabore un plan invraisemblable.
Le spectre de l'Ermite Rikudô revient sur son parcours et les origines du Ninshû. Un chapitre capital de l'histoire, pourtant longtemps ignoré, est enfin dévoilé.
Alors qu'Indra a hérité d'un véritable talent pour le Ninshû, Asura, qui s'entraîne seul dans la montagne, est approché par un être mystérieux.
Au moment de désigner son héritier aux destinées du Ninshû, Hagoromo envoie ses deux fils sur les routes afin d'accomplir une quête mystérieuse.
Asura tente d'avertir les villageois de l'influence néfaste de l'Arbre divin sur leur santé. Comme ils se rebellent, il décide de prendre le taureau par les cornes.
Hagoromo choisit enfin son successeur à la tête du Ninshû en sollicitant l'aide de l'un de ses fils, mais le jeune prodige ne l'entend pas de cette oreille.
Lassés des missions banales, Naruto et ses coéquipiers décident de se lancer dans une mission de rang S très personnelle : découvrir le visage de Kakashi.
Alors que Naruto et Sasuke affrontent Kaguya, Sasuke est projeté dans une autre dimension. Sakura et Naruto arriveront-ils à le retrouver ?
Obito se souvient avec émotion de son enfance avec Lin, puis allie ses forces à celles de Kakashi pour aider Naruto et Sasuke, tous deux en fâcheuse posture.
Alors qu'Obito continue à se remémorer son passé, le moment de rejoindre Lin est-il enfin arrivé pour lui ?
Face à la puissance incommensurable de Kaguya, Kakashi est prêt au sacrifice suprême, mais voilà que son vieux complice Obito le surprend à nouveau.
Les combattants retrouvent tous les shinobis du présent et du passé réunis autour de l'Ermite Rikudô. Cette fois-ci, l'heure des adieux est arrivée.
Les compagnons, qui croyaient avoir définitivement tourné la page des guerres ninjas, font face à une nouvelle menace inattendue.
Alors qu'une paix durable semble vouloir s'installer, Sasuke s'autoproclame Hokage. Hélas, on comprend vite qu'il se veut le pionnier d'une nouvelle ère bien sombre.
Le combat continue ; tandis que Sasuke déclenche une nouvelle forme, plus puissante de Susanô grâce au chakra des démons à queues, Naruto riposte avec des clones sous la forme de Kyûbi.
À l'issue de leur dernier combat, Naruto et Sasuke gisent à terre, inertes, leurs esprits voguant aux portes de la Mort et leur vie défilant sous leurs yeux.
Alors qu'un personnage est célébré en héros, l'autre croupit à l'ombre d'une cellule. Est-ce donc le triste épilogue que le destin a réservé à Konoha ?