Suite aux douloureux évènements qui ont bouleversé le village de Suna, Konoha envoie ses 2 meilleures équipes pour leurs prêter main forte et sauver Gaara des griffes de l'Akatsuki.
Comptant sur les pouvoirs de Naruto, Chiyo décide d'utiliser le jutsu de transformation sur Gaara, mais cette technique n'est pas sans risque !
L'équipe Kakashi et l'équipe Gaï ramènent Gaara à Sunagakure, avant d'aller se recueillir une dernière fois sur la tombe de Chiyo.
De retour à Konoha, alors que Kakashi se repose à l'hôpital, Naruto recherche un autre membre pour l'équipe avant la rencontre prévue avec l'espion de Sasori.
Naruto est éberlué lorsque Saï, le garçon qui l'a attaqué, est intégré à l'Équipe Kakashi, et qu'un membre de l'ANBU en prend la direction peu de temps après.
Jiraya explique à Yamato que le renard à neuf queues est scellé dans Naruto, et après des débuts mouvementés, la nouvelle équipe se lance dans sa première mission.
En dépit des efforts de Yamato pour dissiper les tensions et renforcer l'esprit d'équipe au sein de son groupe, Naruto continue de mépriser Saï.
Saï se révèle être plus humain qu'on ne le pensait, et l'équipe échafaude un plan pour capturer l'espion de Sasori.
Yamato crée un faux défi pour son équipe afin d'évaluer la coordination et la collaboration entre ses membres. Saï révèle de surprenantes informations le concernant.
Ayant pris l'apparence de Sasori, Yamato rencontre l'espion sur le pont de Tenchi, où l'équipe est abasourdie en découvrant la véritable identité de ce dernier.
Agacé par le sarcasme d'Orochimaru, Naruto libère le démon à trois queues.
Poussé à bout par Orochimaru lors d'un combat, Naruto se transforme en démon à quatre queues.
Naruto s'avère être un formidable concurrent contre Orochimaru, et Kabuto est convaincu que Sasori est mort.
Après que Naruto s'en est pris à Sakura, Yamoto n'a d'autre choix que de l'attacher pour éviter qu'il ne fasse davantage de dégâts.
Après que son clone a suivi Saï, Orochimaru et Kabuto jusqu'à leur cachette, Yamato est convaincu que Danzô cherche à détruire Konoha.
Alors qu'ils se remettent de leurs blessures, Naruto et Sakura accompagnent Yamato sur les traces de Saï.
L'équipe de Konoha décide de regarder le livre de photos de Saï dans l'espoir d'en savoir plus à son sujet. Pendant ce temps, Saï affronte Sasuke.
Orochimaru donne à Kabuto l'enveloppe de Danzô contenant des informations sur l'ANBU, et Yamato, Naruto et Sakura parviennent à la cachette.
L'équipe de Konoha affronte Saï, tandis que Naruto révèle ses liens avec Sasuke.
Kabuto attaque l'équipe et libère Saï, qui finit par le trahir. L'équipe se divise et retrouve Sasuke dans la cachette d'Orochimaru.
Saï fait une révélation à Naruto. Quand Orochimaru les attaque, Sakura et Yamato décident de voler à leur secours.
Naruto et Sakura retrouvent enfin Sasuke, plus déterminé que jamais à se venger de son frère Itachi.
Naruto est attaqué par le puissant Sasuke qui fait alors la connaissance du démon à neuf queues.
La soif de vengeance de Sasuke ne cesse de croître malgré les protestations de Naruto. Seule l'intervention d'Orochimaru empêche Yamato d'user de la force avec Sasuke.