À peine revenus de leur mission de Suna, Naruto et Sakura accompagnés cette fois de Yamato et de Sai, partent à la rencontre de l’espion de Sasori.
Naruto fait de terribles cauchemars. Saï tente de développer son esprit d'équipe. Kakashi se confie à Naruto.
Naruto commence son entraînement avec de nouvelles techniques. Après en avoir appris davantage sur son chakra, il décide d'en tester la puissance.
Naruto demande conseil à Asuma. Une potentielle menace abrège l'entraînement de Naruto. Tsunade décide d'envoyer l'équipe de Kakashi en mission.
L'équipe de Kakashi se rend au Temple du Feu pour résoudre le pillage des tombes. Naruto est témoin de quelque chose d'étonnant.
L'équipe de Kakashi découvre l'histoire des tombes secrètes du Temple du Feu. Naruto réalise qu'il a plus de choses en commun avec Sora qu'il ne le pensait.
Persuadé que Danzô prépare un mauvais coup, Tsunade décide de mener l'enquête. Au Temple du Feu, Naruto et les autres tombent dans un piège.
L'équipe de Kakashi se retrouve en position de faiblesse face à l'ennemi. De son côté, Sora tombe nez à nez avec un mystérieux personnage.
Le mystérieux personnage transmet à Sora un message codé. Dépité, Naruto découvre que Fûka est capable d'utiliser les cinq éléments de chakra.
Alors que Yamato intègre un nouveau membre dans l'équipe de Kakashi, la décision est loin de faire l'unanimité. Au Pays du Feu, Furido passe à la vitesse supérieure.
Les révélations de Furido au sujet de la famille de Sora font l'effet d'une bombe. Tsunade reçoit une lettre intrigante du moine du Temple du Feu.
Tsunade surprend Danzô lors d'un rendez-vous secret. Alors que Sora découvre une information choquante au sujet de son père, Furido l'encourage à se venger.
Furido lance une offensive contre Konoha. Asuma soupçonne quelqu'un de s'être servi de Sora et réalise que la sécurité du village est menacée.
Asuma se retrouve face à ses propres démons. Avant d'empêcher Sora de se tourner vers Furido, Naruto doit éviter une nouvelle fois le baiser de la mort.
En découvrant les plans de Furido, Sora, sous le choc, tente désespérément de s'interposer. Asuma affronte tant bien que mal Kitane.
Naruto découvre le secret derrière la capacité de Fûka à se servir des cinq éléments de chakra. Furido révèle les origines des incroyables pouvoirs de Sora.
Sora sombre dans le désespoir après une terrible trahison. Seul Naruto peut comprendre la douleur de Sora et l'empêcher de perdre totalement pied.
Asuma remonte le temps pour combattre le véritable Furido. Le chakra du démon à neuf queues ayant investi les corps de Naruto et Sora commence à se manifester.
Naruto tente désespérément de supprimer le chakra du démon à neuf queues pour mettre fin à la fureur de Sora. Asuma reçoit une aide inattendue durant son combat.
De retour, Kakashi avertit Tsunade des mouvements de l'organisation Akatsuki. Pendant ce temps, Hidan et Kakuzu pourchassent toujours le démon à deux queues.
Hidan et Kakuzu se rendent au Temple du Feu pour commencer leur nouvelle mission. Naruto reprend l'entraînement, s'attaquant à de nouvelles difficultés.
Après avoir appris la destruction du Temple du Feu et l'infiltration des Akatsuki au Pays du Feu, Tsunade envoie les 20 nouvelles équipes en mission.
L'équipe d'Asuma décide d'intercepter l'organisation Akatsuki. Kakashi révèle à Naruto le véritable objectif de son nouvel entraînement.
Kakashi défie Naruto d'être le premier homme à intégrer son élément de chakra à une toute nouvelle technique de combat encore plus puissante.
Surpris par la puissance d'Hidan, Asuma élabore une nouvelle tactique laissant le reste de l'équipe, et plus particulièrement Shikamaru, sous le choc.