Arrivé là où Itachi lui a donné rendez-vous, le reste de son équipe devant rester en arrière avec le partenaire d'Itachi, le face-à-face tant attendu avec Sasuke peut débuter.
Dissimulé sous les traits d'un crapaud, Jiraya infiltre le Village de la Pluie et découvre qu'un nouveau chef règne sur la petite communauté.
Jiraya prend la forme de l'un des ninjas qu'il a capturés. Pris dans une embuscade, il se retrouve nez à nez avec deux fantômes du passé.
Invoquant le crapaud géant Gamaken, Jiraya affronte Pain et toute une meute de bêtes, tout en cherchant à passer en mode Sage.
Face aux trois Pain, Jiraya, frustré, tente de gagner du temps, pendant que les deux grands sages Fukasaku et Shima élaborent un plan d'attaque.
Blessé et dépassé par la situation, Jiraya décide de risquer sa vie pour découvrir le secret des pouvoirs de Pain.
Après avoir suivi les pas d'Itachi, Sasuke se retrouve enfin face à son frère aîné, mais quelque chose ne tourne pas rond.
Alors que le combat tant attendu des deux frères commence, Sasuke oblige Itachi à répondre à une question brûlante.
Quand Itachi révèle le secret du puissant Sharingan, l'affrontement entre les deux frères prend un nouveau tournant.
Alors que Sasuke fait un retour en force contre son frère blessé, Itachi prépare une riposte explosive.
Tandis que le combat atteint son paroxysme, Sasuke et Itachi viennent à manquer de chakra, mais les deux frères ont plus d'un tour dans leur sac.
Naruto et ses amis tentent de contrer les étranges pouvoirs de Tobi. Au même moment, Zetsu annonce la fin du combat entre Sasuke et Itachi.
Dans le repaire des Akatsuki, Madara fait d'incroyables révélations à Sasuke au sujet de son frère et retrace peu à peu l'histoire complexe des deux clans.
Quand Madara révèle le secret du massacre du clan Uchiwa, Sasuke découvre enfin les véritables intentions de son frère.
Incapable de retrouver la trace de Sasuke, l'équipe de Naruto fait marche arrière. Pendant ce temps, Sasuke se prépare à attaquer une nouvelle cible.
En mission pour retrouver les démons à queue restants, Sasuke affronte Killer Bee, qui use de redoutables techniques pour s'en prendre à son adversaire.
Après avoir reçu un message urgent de Tsunade, les ninjas de Konoha arrivent sur les lieux d'un récent combat, où Naruto affronte un mystérieux personnage.
Tandis que Naruto et ses acolytes aident une jeune fille à regagner son village en sécurité, des chasseurs de primes décident de s'emparer du jutsu interdit de son clan.
De retour au village, Hotaru tombe dans un piège tendu par des bandits. Naruto est déconcerté par l'attitude des villageois.
Le passé d'Utakata à présent révélé, les traqueurs concluent un marché avec l'équipe de Naruto, et ce dernier fait une découverte déconcertante au sujet d'Hotaru.
Pendant que Naruto et les autres débattent du sort à réserver au jutsu interdit, Hotaru évoque le nom d'une personne capable d'en assurer la protection.
Une fois de plus, Hotaru disparaît mystérieusement. Tandis qu'ils associent leurs forces pour la retrouver, Naruto et Utakata font une découverte déconcertante.
Naruto et Utakata tentent d'en savoir plus sur l'étrange phénomène frappant le village. Pendant ce temps, Shiranami révèle son plan à Hotaru.
Hotaru est dévastée lorsque Shiranami l'oblige à utiliser le jutsu interdit contre Naruto et Utakata, mais la force échappe rapidement à tout contrôle.
De retour de mission, Naruto se remémore son étrange rencontre avec Itachi, avant d'apprendre une nouvelle des plus choquantes.
Dévasté, Naruto erre dans les rues du village, tandis que Tsunade tente de déchiffrer le message de Jiraya.