La jalousie de Sasuke envers Naruto crée des tensions. Les équipes 7 et 10 unissent leurs forces pour venir en aide à un village, et une vérité troublante est révélée.
Pendant que l'équipe tente d'élucider le message de Jiraya en attendant les résultats de l'autopsie, Fukasaku propose un étonnant marché à Naruto.
Naruto commence son nouvel entraînement mais son premier défi met sa patience à rude épreuve.
Naruto poursuit tant bien que mal son entraînement. Pendant ce temps, le frère de Killer Bee envoie un message urgent à Tsunade.
Pendant qu'ils analysent les informations rapportées par Jiraya, les ninjas de Konoha subissent une terrible attaque des six corps de Pain.
Konoha subit l'attaque dévastatrice de Pain et de Konan. Apprenant l'attaque des Akatsuki, Tsunade tente de contacter Fukasaku.
Kakashi livre bataille contre Tendô Pain mais se révèle incapable de faire face aux étranges attaques de ce dernier. Shurado se joint au combat.
Konoha subit la puissante attaque des Akatsuki. Dans les souterrains du village, Danzô prend des mesures à la hauteur de ses ambitions.
Konohamaru, Moegi et Udon sont sous le choc en découvrant l'état de leur village. Prêts à tout pour accomplir leur devoir, ils se précipitent au secours des villageois.
Tsunade se retrouve nez à nez avec Tendô Pain sur le toit de la résidence du Hokage. Alors que Pain exige qu'on lui remette le démon à neuf queues, Tsunade refuse.
Pressentant un danger, Naruto et Fukasaku reviennent vite à Konoha, où ils découvrent un véritable champ de ruines.
Naruto s'en prend à Pain grâce à sa technique de combat perfectionnée. Après avoir vaincu Ningendo, il subit rapidement l'attaque de Pain.
Gamabunta et les autres crapauds subissent une défaite, tandis que Naruto, désormais prisonnier de Pain, tente de répliquer.
Hinata affronte un puissant ennemi et révèle un secret bien caché. Pendant ce temps, Neji remarque une présence inhabituelle sur le chemin de Konoha.
Naruto perd le contrôle après avoir vu Hinata s'effondrer devant lui. Fou de rage, il libère le chakra du démon à neuf queues.
Dans son monde intérieur, Naruto rencontre Minato Namikaze, le Quatrième Hokage, et fait une découverte surprenante.
Pour briser le cycle de la haine, Naruto se dirige vers la cachette du véritable Pain. Sur son chemin, il croise Shikaku et Inoichi.
Alors que Naruto se prépare pour son premier match, il entend Jiraya évoquer "l'héritage du Quatrième Hokage", sans doute une technique secrète de combat ninja.
Naruto et les autres acceptent les défis à venir, espérant battre le record précédent. Mais le caractère impulsif de Naruto met le groupe en difficulté.
Lorsqu'il se retrouve face à Nagato et Konan, Naruto demande à Nagato de lui donner sa version de l'histoire.
Pour réaliser leur rêve, Nagato, Yahiko et Konan recherchent Jiraya dans la zone de guerre, dans l'espoir d'apprendre le ninjutsu.
Après avoir écouté le passé douloureux de Nagato, Naruto livre sa réponse à la quête de la paix, et Nagato se souvient d'une promesse qu'il a faite il y a longtemps.
Nagato choisit de croire Naruto et met en œuvre sa dernière technique interdite.
En nettoyant les ruines de l'Académie des ninjas, Iruka tombe sur un ancien pilier lui rappelant les premières années de Naruto en tant qu'élève.
Naruto passe ses journées à se mesurer à Sasuke, la star des aspirants ninjas, mais ne réussit qu'à être la risée de ses camarades.
Après l'avoir informé de nouveaux affrontements, les camarades de Naruto le mettent au défi de récupérer un objet appartenant au ninja ennemi.
Le conseil évoque la reconstruction du village de Konoha. Danzô fait pression auprès du conseil pour nommer un nouveau Hokage pour remplacer Tsunade.