Sasuke réapparaît et compte se rendre à Konoha pour assouvir sa vengeance. Pendant ce temps, Kakashi est proposé comme Rokudaime Hokage par Shikaku, le père de Shikamaru.
Naruto et Sakura, qui participent à la reconstruction du village, retrouvent deux amis de longue date.
Naruto et Sakura fêtent leurs retrouvailles avec Inari et Tazuna et évoquent un incident survenu après leur mission au Pays des Vagues.
La nouvelle de la destruction de Konoha parvient au Village du Sable. Kankuro et Temari s'inquiètent alors du bien-être de leurs alliés.
Alors qu'elle s'occupe de Tsunade, Sakura reçoit la visite de Naruto et évoque la fois où elle a souffert des symptômes d'une maladie causée par un mystérieux virus.
En se rendant au laboratoire de recherches de Konoha pour y trouver de quoi rebâtir le village, Tenten et Neji se remémorent leur dernière visite.
Devenu une autruche ninja dotée de la parole, Condor raconte aux jeunes membres de son espèce ses prises de bec avec Naruto.
Apprenant que l'ingrédient principal de l'élixir de jouvence de Lee vient à manquer, Naruto élabore un plan pour s'en procurer davantage lors de sa prochaine mission.
Déterminé à récupérer Sasuke et à apprendre à se défendre contre l'organisation Akatsuki, Naruto se lance dans un nouvel entraînement.
Naruto et Jiraya tentent de sauver un village des griffes de Kandachi, l'ancien bras droit d'Hanzô. Furieux, Kandachi invoque le Roi Conch.
Mamie Chat demande à Sasuke et à l'équipe 7 de terminer l'encyclopédie des empreintes de chats, et l'équipe part en mission sans Kakashi.
Naruto a une mission à la frontière Nord du pays. Parmi les membres de son équipe se trouve Kosuke, un très vieux ninja surnommé "le ninja éternel".
Une jolie kunoichi espionne appelée Hanare est interrogée à Konoha. En inspectant son âme, Inoichi fait une étonnante découverte.
Pendant l'examen des Chûnin, Neji se repose à l'infirmerie. Lorsque Tenten lui rend visite, les deux voient les hommes d'Orochimaru attaquer le village.
Naruto passe devant une pierre scellée, dont il déchire le talisman sans réfléchir. Dans la nuit, il voit un fantôme amnésique à son chevet.
L'équipe 7 poursuit un groupe de voleurs ayant dérobé une précieuse statue. Alors que Sakura parvient à localiser les criminels, Naruto et Sasuke décident d'agir seuls.
Les équipes 7 et 10 viennent en aide à des villageois malmenés par des bandits. Kakashi et Asuma élaborent alors un plan pour s'en prendre à ces criminels.
La jalousie de Sasuke envers les progrès de Naruto entraîne des frictions. Tsunade décide de leur attribuer des missions différentes pendant un certain temps.
En arrivant à Konoha, l'Équipe Samui du village de Kumo voit un champ de ruines. C'est alors que Danzô apparaît, annonçant qu'il est le nouveau Hokage.
Karui et Omoï font pression sur Naruto pour qu'il leur révèle des informations sur Sasuke, mais celui-ci refuse de livrer son ami.
Alors que le Conseil des Cinq Kage se prépare, Naruto, Yamato et Kakashi suivent l'Équipe Samui en espérant faire la connaissance du Raikage.
Afin d'empêcher le cycle de haine que provoquerait la mort de Sasuke, Naruto supplie le Raikage d'épargner son ami.
Mifune propose la création d'une armée d'alliés pour contrer les Akatsuki, avec le Hokage à sa tête.
Madara, qui s'intéresse à Naruto, fait une brusque apparition devant lui et lui apprend la vérité sur Itachi.
Naruto, Kakashi et Yamato sont en état de choc après la révélation sur Itachi. Madara poursuit alors en leur apprenant les origines de la haine éternelle.
Après avoir contré les attaques combinées de Gaara, Temari, Kankuro et Darui, Sasuke se lance à la poursuite de Danzô, mais ce dernier a fui les lieux.
Les quatre Kage sont surpris par l'apparition soudaine de Madara Uchiwa, qui leur révèle l'étendue de son projet.